A munkaviszony olyan tartós jogviszony, amelyben a civil szervezet, mint munkáltató áll jogviszonyban a magánszemély munkavállalóval. A civil szervezet ugyanúgy létesíthet munkaviszonyt a magánszemélyekkel, mint a gazdasági élet bármely szereplője. A munkaviszonnyal kapcsolatos szabályokat a Munka Törvénykönyve szabályozza, tehát az alapítványokra, egyesületekre, mint munkáltatókra és velük munkaviszonyt létesítőkre is a Munka Törvénykönyve vonatkozik (legfontosabb szabályok: Mt. V. fejezet, VII-VIII. fejezet). Természetesen, ha a civil szervezet olyan ágazatban tevékenykedik, melyre speciális ágazati szabályokat kell alkalmazni, azokat sem szabad figyelmen kívül hagyni.

Munkaviszonyról beszélünk akkor, ha a magánszemély munkavégzésre irányuló tevékenysége önállótlan, függő munkaként jelenik meg. Azaz a munkavállaló alárendelt viszonyban van, a munkáltatót pedig utasítási jog illeti meg.

A munkaviszony munkaszerződéssel jön létre, határozott vagy határozatlan időre. A munkaviszonyt írásba kell foglalni. A munkaszerződésben a felek bármely kérdésben megállapodhatnak, de jogszabállyal, illetve kollektív szerződéssel ellentétben nem állhat, kivéve, ha a munkavállalóra kedvezőbb feltételt állapít meg.

A munkaviszony viszonylag biztonságosnak tekinthető a munkavállaló szempontjából, ugyanis a megszűntetés esetei, a felmondási tilalmak, illetve a kötelező juttatások mind a munkavállalót védik. 

A munkaviszony kezdete a munkába lépés napja, melyet a felek a munkaszerződésben határozzák meg. Erre vonatkozó megállapodás hiányában, a munkaszerződés megkötését követő munkanapon kell a munkavállalót munkába állítani.

Munkaviszony esetén, annak megkezdésével létrejön a biztosítási jogviszony.

Munkaviszony létesítése esetén a munkavállalót napi 8 órás munkaidő mellett (heti 40 órás munkaidő) minimálbér, illetve garantált bérminimum illeti meg. Amennyiben a munkavállalót részmunkaidőben foglalkoztatják (leggyakrabban napi 4 vagy 6 órában) akkor a kötelező legkisebb díjazás mértéke is arányosan számítandó.

A civil szervezet foglalkoztatóként munkaviszony alapján teljesít kifizetéseket, ugyanazok a szabályok (adó, járulék, munkaügy) vonatkoznak rá, mint bármely más munkáltatóra. Az ezekhez fűződő adminisztráció nagyon időigényes, és szakképesítést igénylő feladat.

A munkaviszonyból származó bruttó jövedelemből levonásra kerül a személyi jövedelemadó és a társadalombiztosítási járulék.

A levonást követő munkabér lesz a munkavállaló nettó jövedelme. 

A munkaviszony keretében be kell tartani a szabadsággal kapcsolatos előírásokat. A munkavállalót alap- és az életkorától függően pótszabadság illeti meg. A szabadságot a munkáltató köteles kiadni, ennek során figyelembe veheti a munkavállaló igényeit is. A munkavállaló 7 nap szabadságot jogosult az általa meghatározott időpontban kivenni, és minden évben lennie kell 14 nap összefüggő szabadságnak. Nem lehet az év közben ki nem vett szabadságot pénzben megváltani, és csak indokolt esetben lehet a következő időszakra átvinni.

A munkavállalóknak kötelezően kell adni bizonyos költségtérítéseket. Ezek a munkába járás, a hazautazás költségeinek megtérítése, illetve a napidíj, melyek a külföldi napidíj kivételével adó- és járulékmentesek.

A munkáltató döntése szerint munkavállalóknak adhatók bizonyos juttatások adómentesen, illetve a kifizető adókötelezettsége mellett részesülhetnek béren kívüli juttatásokban, valamint egyes meghatározott juttatásokban is, melyek bérjellegű jövedelemnek minősülnek, és az általános szabályok szerint adóznak.

Az előbbiekben bemutatott tudnivalók csak nagyvonalakban, figyelemfelhívó jelleggel foglalják össze mindazt, amit a munkaviszonyról és az azzal járó kötelezettségekről tudni kell. Azt kell látni, hogy ha a civil szervezet foglalkoztatóként munkaviszony alapján teljesít kifizetéseket, ugyanazok a szabályok (adó, járulék, munkaügy) vonatkoznak rá, mint bármely más munkáltatóra. Az ezekhez fűződő adminisztráció nagyon időigényes, és szakképesítést igénylő feladat.