A felügyelő szerv saját maga által meghatározott ügyrend szerint ellenőriz. Ez azt jelenti, hogy a felügyelő szerv saját maga határozza meg a szervezet nagyságától, felépítésétől, tevékenységétől függően, hogy évente hányszor szeretne ülésezni, esetleg helyszíni ellenőrzést tartani. Például egy 30 fős egyesületnél, amely kifejezetten a tagok lakóhelyének virágosítása érdekében jött létre, nem valószínű, hogy van értelme évente többször felülvizsgálni a dokumentumokat. Ugyanakkor egy országos, több száz fős egyesület esetén, ahol megyei vagy régiós szervezetek vannak pénzkezelési jogkörrel, ott lehet és van értelme évente egy-egy régióba ellátogatni.
Az ügyrendet a felügyelő szerv szintén maga határozza meg; célszerű évente egyszer előre meghatározni, milyen szempontok szerint, mit szeretne ellenőrizni. Mivel a felügyelő szerv üléseiről is jegyzőkönyvet kell készíteni, a tárgyévi ügyrendet célszerű jegyzőkönyvben rögzíteni. A felügyelő szerv saját működéséről külön szabályzatot is készíthet, ebben az esetben a belső szabályzathoz kell alkalmazkodni.
A felügyelő szerv működési rendjének fő szabályait a létesítő okirat tartalmazza. Ilyen fő szabálynak minősül:
- a felügyelő szerv létrehozója (alapítvány esetén alapító, egyesület esetén a legfőbb szerv);
- a felügyelő szerv létszáma (egy fő vagy testületként pl: 3-5-7 fő);
- a felügyelő szerv létrehozásának módja: csak egyesület esetén a választás szabályai;
- a működésre vonatkozó legfontosabb szabály, hogy legalább évente egyszer köteles összeülni és az éves beszámolót ill. közhasznúsági mellékletet köteles felülvizsgálni;
- a felügyelő szerv megszűnésének módja és feltételei (például az éves bevétel 2 egymást követő évben 50 millió forint alatt maradt);
- a létesítő okiratban mindaz szerepelhet még, amelyet az alapító vagy a döntéshozó szerv fontosnak tart.
Úgy érdemes szabályozni, hogy azt a Törvényszék törvényességi felügyeleti eljárásban számon kérheti.
